Il Museo Amedeo Lia è stato istituito nel 1995 e inaugurato nel dicembre 1996, grazie all'importante donazione di opere d'arte di Amedeo Lia e della sua famiglia.
Comprende dipinti databili dal XIII al XVIII secolo, miniature italiane e straniere dal XIII al XVI secolo, sculture e oggetti d'arte antichi, medievali e moderni. Tra questi spiccano i nuclei delle croci processionali, dei vetri e dei cristalli di rocca, degli smalti Limoges, degli avori gotici e l'amplissima sezione dei bronzi.
Il Museo ha sede nell'antico complesso della chiesa e del convento dei Frati si San Francesco da Paola, insediatisi alla Spezia nel primo quarto del XVII secolo. L'edificio è stato totalmente ristrutturato dal Comune della Spezia per adibirlo alle nuove attuali funzioni museali, avendo cura di recuperare l'identità degli spazi architettonici riqualificando nel contempo un brano di centro storico. Il restauro ha riguardato l'intera ala conventuale, il chiostro interno, la ex-chiesa lasciata nell'aspetto assunto nel corso dell'Ottocento.
Il colore brillante della facciata principale riprende gli intonaci originali, secondo il tradizionale gusto ligure e fa da contraltare ai toni volutamente smorzati degli ambienti interni, così concepiti per far risaltare adeguatamente le opere d'arte.